Sinteza RNA oligonukleotidov
- dolžina do 60 bp
- standardna lestvica (40 nmol, 200 nmol in 1 μmol)
Sinteza LNA oligonukleotidov
Premrežene nukleinske kisline (LNA) so modificirani RNA nukleotidi, ki vsebujejo "zaklenjen" biciklični sladkorni del. Most med 2' kisikom in 4' ogljikom "zaklene" ribozo v konformaciji 3'-endo. LNA nukleotidi se lahko mešajo z DNA ali RNA ostanki v oligonukleotidu. LNA modificirani oligonukleotidi izkazujejo izboljšano afiniteto hibridizacije do komplementarne DNA ali RNA.
Zakaj uporabljati LNA?
- natančno uravnavanje temperature taljenja
- izboljšana afiniteta hibridizacije pri krajših dolžinah
- izboljšano razmerje signal-šum v qPCR analizah
- natančnejša kvantifikacija genov in diskriminacija alelov
- boljša zaznava enonukleotidnih neskladij
- povečana odpornost na endo- in eksonukleaze
Uporaba
- qPCR/PCR aplikacije, vključno z multiplex PCR
- utišanje genov s protismiselnimi LNA oligonukleotidi (enostaven vstop v celice)
- razvoj zdravil z uporabo protismiselnih oligonukleotidov (netoksično)
- diskriminacija alelov
- analiza mikroarray
- analiza izražanja genov
Smernice za načrtovanje
- ne priporočamo več kot 4 zaporednih baz LNA
- baze LNA ne smejo biti pozicionirane na 3' koncu ali blizu 3' termina
- izogibajte se odsekom z 3 +G in 3 +C
- GC-vsebnost naj bo med 30-60 %
- večje število LNA (npr. 16 ali več) povečuje tveganje za samohibridizacijo
- ena baza LNA poveča Tm za 2-6°C (DNA) in 3-9°C (RNA)
- ena LNA baza pozicionirana na 5' koncu ne vpliva na Tm
Informacije za naročanje
- LNA je označena v sekvenci z + (npr. +A, +C, +G, +T)
- na voljo v vseh standardnih lestvicah (40 nmol, 200 nmol in 1 μmol)
- popolnoma združljivo z našo široko paleto modifikacij